但途中遭遇到了袭击。
阿尔伯特·威斯克派出小队调查，在发现火车乘客都感染了生化病毒后，便下令让手下启动列车，让其撞毁……
这也是为什么。
列车忽然启动。
但是。
阿尔伯特·威斯克的手下，还没让列车撞毁，就死在了水蛭群的袭击下。
而主角瑞贝卡，此时也赶到了列车头。
而他们的首要目的，当然是让列车停下来。
不然就要落得车毁人亡的结局了。
这里。
电影借鉴了游戏中的关卡设计，瑞贝卡想让火车停下来，必须要寻找刹车机关。
期间还要面对丧尸的扑击。
紧张感拉满。
一副快要结局的模样。
不过好在。
在千钧一发之际，瑞贝卡终于是完成了自己的工作。
最终。
在列车车毁人亡的最后一刻。
伴随着巨大的轰鸣，停了下来了。
而主角两人安然无恙。
但是。
故事还远没有结束……
列车停下了。
两人却来到了一个陌生的地方。
他们穿过恶臭的下水道。
走进了真正噩梦发生的地方。
整个生化危机的开端。
保护伞公司的……干部培训所！
……
影院里。
骑星泽和钟尹最终……还是没走。
不过。
他们看到列车停下。
真的以为，电影结束了。
但一看时间，才发现，电影仅仅过去了四十分钟而已。
只能说。
看得太入迷了。
而接下来的剧情。
这才正式揭晓了，水蛭和病毒的起源。
这座古老的保护伞公司干部培训所，是保护伞公司的训练设施。
本来是为保护伞公司训练干部的。
在那里，两位主角，找到了詹姆斯·马库斯的相关资料。
他是训练设施的负责人，同时也是发现始祖病毒的人，还是保护伞公司的创始人之一。
马库斯潜心进行始祖病毒的研究，并将病毒与水蛭dna结合，最终开发了以造就生物兵器为目的的‘t病毒’，在保护伞公司内树立了极高的威信。
不过，随着研究的进展，马库斯的人格也慢慢产生了扭曲，他已不满足仅仅以动物进行试验，而是将目光瞄准了人类……甚至拿公司的研究员干部来做实验。
保护伞公司的另外一个高层，害怕马库斯如果继续进行研究的话，会威胁到自己的地位，便派威廉和威斯克暗杀了马库斯。
然而，被射杀，扔到下水道中的马库斯由于水蛭女王病毒的作用并未死去，而是在不为人知的情况用十年的时间死而复生，成为了一个与水蛭结合的生命体。
而列车出事。
正是马库斯利用体内的病毒，和召唤水蛭的能力，报复保护伞公司导致的。