接受了来自大木博士的委托，小智一行踏上了橘子群岛的冒险之旅。在告别了留在岱柑岛的小刚后，小智和小霞计划先在热带小岛尽情游玩几天再返程。
然而，他们的旅程刚刚开始，就在澎柑岛的海边遭遇了意外。小智发现了一只被不良少年欺凌，命悬一线的小乘龙。
小霞和新结识的朋友小建的协助下，他们成功将这只可怜的乘龙护送到了半山腰的宝可梦中心进行静养。
乔伊小姐看着他们带来的乘龙，安抚道：“你们放心，只要它得到充分的休息，自然会恢复健康。”
听到这样的安慰，小智他们望着窗外那只安心休养的乘龙，心中稍感宽慰。
然而，乔伊小姐的担忧并未完全消散：“不过，经历了那样的事件后，这只乘龙的性情变得异常胆小。”
小霞深有同感地点点头：“这也难怪，毕竟它刚刚遭受了人类的欺凌。”
小建也皱着眉说道：“更重要的是，这只乘龙还只是个孩子。”
小智认同地点头：“是的，从它的体型来看，确实不像成年的乘龙。”
小建继续分析道：“这座岛屿的海岸线上常有乘龙群出现，我猜它可能是其中的一员，因上次的暴风雨而迷失方向。”
小智笑着称赞道：“你的观察很细致嘛。”
小霞好奇地看向小建：“你是怎么知道这么多的？”
小建微微一笑，自豪地介绍：“我是宝可梦观察家，对宝可梦的了解比较多罢了。”
“宝可梦观察家？”小霞好奇地看向小建。
“所谓的宝可梦观察家，是以野外探险为主，专注于观察各类宝可梦，一边旅行一边进行调查研究。”乔伊小姐向小霞解释道。
“难怪你从一开始就在记录观察。”小霞对小建点了点头。
“幸会，我是立志成为宝可梦大师的小智。”小智向小建自我介绍，并伸出右手。
“我是小建。”小建友好地与小智握手。
“我是你们的新伙伴小霞。”小霞也进行了自我介绍。
“我打算收养这只可爱的小乘龙，你们觉得如何？”小智询问。
叮咚一声——圆梦时刻获得积分二十点。
“我赞同小智的决定，他一定会好好照顾乘龙的。”小霞点头表示支持。
“这只小乘龙似乎只亲近小智，或许这就是一种缘分吧。”小建也表示认同。
与此同时，在宝可梦中心的透明玻璃大门另一侧，火箭队三人组依然坚持不懈地跟踪着他们。他们趴在门口，仔细观察着小智一行人的一举一动。由于回程票无人搭乘，飞行船部门遭受损失，武藏和小次郎因此被扣除一年奖金，被留在橘子群岛上自力更生……
此刻，这三个家伙又把目光转向了乘龙。在他们眼中，乘龙是一种极为罕见的宝可梦。
“乘龙可是稀有的宝可梦啊。”喵喵感叹道。
“稀有的宝可梦是属于大家的，而大家的就是我们的。”小次郎毫不掩饰贪婪之情。马上行动！”武藏果断决定展开行动计划。
一声巨响，火箭队被当地小孩毫不留情地对付，他们踩着火箭队小次郎的脑袋进入了宝可梦中心。
“乔伊小姐，请为我们的宝可梦进行治疗，我们打算去挑战南十字星。”孩子们争先恐后地请求道。
乔伊小姐温柔地安抚着孩子们的宝可梦，“好的，我明白你们的决心了，我会一个一个为你们治疗。”
“南十字星究竟是何方神圣？”小霞不禁好奇地询问。
小建解释道：“南十字星指的是橘子群岛各地道馆的道馆训练家。”
“挑战他们是为了什么呢？”小霞继续追问。
小建指着墙上的海报说：“想要参加橘子联盟的比赛，必须先与他们交手。”
小智点点头，明白了其中的道理，“原来如此，橘子群岛的宝可梦联盟啊。”他观察到虽然橘子群岛幅员辽阔且多为海岛，但宝可梦训练家的水平参差不齐。
尽管这个联盟大会的含金量不如小智刚刚参加的宝宝杯，但他觉得挑战一下也无妨。
小建热情洋溢地说：“在澎柑岛，自主训练的选手们必须挑战南十字星，打败所有道馆训练家才能取得参加橘子联盟大赛的资格！”
小霞顿时恍然大悟：“原来这里的宝可梦训练家都是为了这个目标而努力的啊。”
小智果断决定：“那么，我们也去橘子联盟，我们来了！”
“嘿，我们可以把gs球带回大木研究所给博士了。”小霞提醒着。
“大木研究所。”小建不禁愣了一下。
“对，让我们先给大木博士打个电话通知一下。小建，你也一起来吧。”小智心中想到了小建这个得力助手，小建的研究能力和烹饪技艺俱佳，确实适合成为大木博士的助理。
视频电话接通，屏幕中显现出大木博士的身影。
“博士好！”小智挥手打招呼。
“哦，小智啊，你总算回来了，这么久没回来，我真的很担心你。”大木博士笑着说。