东北地广人稀，剿总司令部兵力极为有限，而土匪大都散迹在人迹罕至的深山老林里。“野火烧不尽，春风吹又生”。现在随着国际局势的大动荡，中东路、俄国内战、干涉军在东北的新动作，还有东北新政的酝酿和人民党的成立等等，张汉卿还有相当多的工作要做，不能花费太多的时间在辽阔的东北和土匪捉迷藏；但是好不容易得来的局面，一旦松懈，土匪将卷土重来。
怎么办？
在奉军总部和剿总司令部各大员头痛不已时，张汉卿已经构思了一个影响未来中国深远的想法：即发动一场规模浩大的人民战争，将土匪彻底淹没在人民战争这个汪洋里。
张汉卿以东北剿总副总司令的名义发出了《关于剿匪工作的决定》，指出：
一、各师和旅要抽调三分之一的兵力执行剿匪任务，并要求各执行剿匪任务的部队作出全面计划，区分轻重缓急，实行集中兵力围歼和追打相结合，除恶务尽，避免以往兵去匪来的现象。
二、必须争取在最短时期内，坚决彻底的肃清土匪，发动广大农民，利用土改来建立巩固的后方，使土匪赖以生存的环境不复存在。对内外勾结、通匪资匪（特别是粮食、药品）者，给予重处----轻则家人连坐没收家产，重则斗争后判大刑直至枪毙，整个一窝端。
三、将政治攻势与军事进剿相结合，组织工作队开展政治攻势，同时调查土匪的家属、亲戚和朋友，宣传张汉卿的土地改革政策，动员土匪悔过自新。并争取土匪反水，给奉军剿匪提供情报，将功补过。
四、在消灭大股土匪后，要果断将军队力量放在安顿地方局面上来，各地区要依此组建庞大的民兵队伍，隶属于各地人民武装部；警察局要在各个乡镇组建派出机构，即派出所。为补充这两股力量以民生为主的缺点，在各县城及农村重要据点还设置了准军事化部队----武警部队的想法也诉诸脑际。这样一来，主战部队就可以腾出手来。在未来，还可以用这些准军事化的部队去作为与境内日据地盘缓冲的第一线。
在分兵剿匪的同时，东北剿匪总司令部发出了《动员干部下乡发动群众》的指示，组织大批的军政干部下乡，开展反霸除奸和土地改革运动。东北剿匪总司令部在极短的时间内，抽调出了数万名干部，组成了大批的农村工作团，深入广大乡村，发动群众，开展“反奸清算”运动，实现“耕者有其田”。深受匪患的百姓们热烈欢迎这些工作组的先生们(因这些干部们绝大多数都是由张汉卿的学生军组成的政工干部，老百姓对这些能够识文断字的娃娃先生们一是好奇，二是敬畏，三还是感激，因为娃娃们真正做到了不拿群众一针一线，而且还帮他们解决实际困难，指导监督土改的运行，使翻身农民们真正获得了土地)。
剿匪、土改和“反好清算”三项工作的开展和军事方针、政策获得的成功，使以张汉卿为主要负责的剿匪部队渡过了最困难的阶段，在东北获得了很大的威信。更重要的是，这些立足于当地的干部成为奉军控制地方的重要基石，并在后来成为人民党的骨干，在人才储备上增加了力量。
自从制定了新的剿匪方针，各部队的斗争大见成效。在通化地区的战斗中，27师组织了精干的剿匪小分队，采取不停歇的追击与钉楔围困相结合的方法，穷追猛打，最终剿灭了刘甲一、方雨堂、李桂新等股匪徒。其中，剿灭李华堂的战斗，便是一场穷追不舍的恶战。10月，奉军54旅在剿灭刘甲一后，转战至吉林省的白山、江源、柳河等地，兜剿刘甲一部。在一个多月的战斗中，歼灭刘甲一部1000余人，刘仅以随身40余人逃遁。为了彻底肃清余匪，54旅派出了精干的小分队，跟踪追击，锲而不舍，穷追400余里，终于在11月下旬于新开河畔将半渡的刘甲一击毙。在围剿方雨堂时，剿匪军对逃入深山的方匪实施久围长困，布下明岗暗哨，同时，组织部队进山反复搜剿，使方雨堂无粮无宿，疲于奔命，最后彻底被歼。
在追剿实践中，各部队创造了寻踪和破迷两条经验。寻踪是追剿流窜股匪的重要手段，如同熟练的猎人凭借蛛丝马迹去寻觅野兽的走向一样。寻踪，包括两种方法：第一种，为秋末林中拨踪法。这种方法是通过堪察秋末森林中落叶被踏踩的痕迹，来判断土匪的去向。落叶被踏碎或被搓，且有比较宽的面积时，则证明是有人员走过。反之，如果痕迹凹道狭窄而较深，道面不平，则证明是野兽所践踏。
第二种，是春秋季草甸拨踪法。一般来说，当人和马从草甸上经过时，由于行走踏踩，必定要留下痕迹。而且往往草斜倒的方向，即是土匪逃遁之方向。如若踏过的道中，已有部分草立起时，即说明人马已经过去多时了；如若无草立起，则说明匪徒刚过去不久。破迷是一种识破土匪设圈套的方法。当土匪遭到追剿打击时，往往化整为零，沿不同方向逃遁，以迷惑对手，这时，如果停止追剿，则正中匪计。所以当遇到此种情况时应向最大一股逃匪追击，将其歼灭后往往可查知其联络记号与集合地点，再一一歼灭之。
在黑龙江省的广大地区中，佳木斯是匪患的重灾区。佳木斯的南部和两南是崇山峻岭，原始森林遮天蔽日。佳木斯的东部和北部是大片的沼泽地和草甸子。在草甸子中，蒿草比人高，蚊虫肆虐。不熟悉路径的人，进去就别想再出来。如此荒芜之地，人迹罕到，成了“胡子”们的栖息地。然而，在29师吴俊升的领导下，历经半年时间，即基本肃清了这里的匪患。吴俊升说：“根据佳木斯的具体情况，我们在战术上采取了以下这些办法：
（一）当敌人集中时，我们要开始集中优势力量给敌人以致命打击，这样容易造成消灭敌人的机会，同时，也使敌人失去战斗意志。
（二）当敌人逃入山林时，应立即跟踪追击，力求连续战斗与追剿，使敌人没有喘息的机会。
（三）敌人逃入山林时，应迅速将其包围、在周围钉起钉子来。在土匪必经之路上，应设优势的阻击部队，再派出精干的部队带上干粮和锅，到山里露营，连续反复清剿。这虽然不能完全歼灭敌人，但容易使敌人溃散、瓦解与投降。
（四）为了断绝敌人粮食，必须很好地坚壁清野，使土匪无粮可觅，自行溃散。
（五）如敌人失去战斗意志溃散时，我军部队即可以大胆分散搜山，有时可化装成便衣搜索。
（六）在山林中清剿零散匪徒时，不宜使用大部队，尽量以小分队清剿。”
此举造成在北安地区的50余股土匪中，投降自新的就达3000余人。
除了匪患严重的黑龙江北安、佳木斯等地区外，吉林省西北部和奉天省南部的剿匪工作也取得进展。到1919年底，这两省各地共瓦解土匪100余股，击毙东北最大的匪首王乃康以下惯匪3000多人，连同黑省亦消灭股匪50000余人，基本上稳定了东北的局势。
剿匪所带来的成就不仅仅体现在政治威信上。由于匪徒在东北基本绝迹，各地治安情况有了很大好转，从而使警察及武装警察能够代替军人行使维持地方成为可能，为军警真正分离作了注角，还可能使得奉军由主要维持地方治安变成了一支真正的机动部队。
也是因为剿匪的成就，以及对于纯洁奉军士官的目的，在奉军扩充兵员的工作中，东三省巡阅使署、东北剿匪总司令部均先后召开了会议，总结了奉军建军初期收编土匪部队和成分不纯人员的教训后，作了新的规定。这些规定包括：在扩兵中以基本群众成分为主，大批地吸收经过群众斗争的农民到部队中来，不得吸收兵痞、流氓、土匪、会道门等分子；扩兵对象都要经过审查，政治纯洁，来历及其家庭清楚者，方可吸收并进行细致登记，不能不经审查马虎凑数。；对来历不明，家庭情况不清者，不得收留。
借助着土地改革的威力，扩兵工作波及每一户贫苦农民。据统计，在这场轰轰烈烈的土改兼扩军运动中，仅人口稀疏的佳木斯一地，就有5000余人参加奉军。而人口稠密的辽中地区等，参军人数达到3万人以上。由于政策得利，以及“保卫胜利果实”的大力宣传，广大农民群众踊跃参军，使奉军的主力部队获得了比较大的补充。到1919年底，奉军共补充兵员5万多人，使得各师均达到1。8万至2万人左右，有的师还增编了补充团，各部队的装备也得到了改善。兵员的扩充，使机动作战部队得以加强，也给将来的扩编带来新鲜的血液和充足的人力补充。