由于奉军迅速入关，使冯玉祥进攻安徽的“奇兵计划”无法实现。北京政府前此撤换冯玉祥旅长的命令，当时冯玉祥曾以全体官兵同旅长共进退为威胁，这时情势也迫得他低头了。倪嗣冲请北京政府迅电曹锟派兵夹击冯旅，以弭长江巨患，并且控诉冯抗不交代，又于武穴上下游加兵扼堵，暗中与苏督往返密商军略诸事，足见其野心不悛，受人指使。但是曹锟不肯派兵，所以倪嗣冲也不敢单独进攻。
冯玉祥这时已出人头地。张怀芝建议调冯旅到黑龙江驻防，冯玉祥当然不肯充军，去“发往边疆效力”。当然张作霖也不欢迎这支军队。直到3月18日，北京政府采纳曹锟的意见，给冯玉祥“革职留任”的处分，掳去陆军中将，暂准留任旅长，交曹锟节制调遣，这是后话。
奉军入关后，张作霖提出罢免李纯和讨伐冯玉祥两个要求，他说这是为了“拥护元首”。可是被他拥护的元首却吓得心慌意乱。2月26日在冯国璋在总统府召集紧急会议讨论奉军入关的对策。他用悻悻的眼光问段祺瑞：“这次奉军出兵入关事前既未奉令，也未呈报，居心何在？”段祺瑞回答不知。冯又大声问：“前任陆军次长徐树铮到奉天作何勾结？”段更忸怩无以置辞。
这次会议当然没有结果。冯想要段叫张作霖退兵，段就是召奉军入关的原始人，他怎会再要奉军退出呢？何况召虎容易退虎难，他即使愿意叫张退兵，事实上也办不到了。退可自立为王，进则好处尽占，深谙这段历史的张汉卿怎能轻易放弃这到手的肥肉，而段祺瑞又何尝不知道关外王张作霖不是好惹的，请了来就不容易请出去，可是既然饮鸩止渴，也只有“硬行”了！
冯国璋知道叫段退奉军是办不到了，他只得央请前清末年做过东三省总督，亲手招抚过张作霖的赵尔巽到奉天说服张作霖退兵，然而时移势易，张作霖早就不买他老上司的账了，赵尔巽自然是白跑一常
奉军自入关后，其声势咄咄迫人，3月5日奉军一部由天津开到廊坊，在车站检查往来旅客，使中外人士大吃一惊，北京国务院去电劝止，说明廊坊不是戒严区，不可以检查旅客，奉军依然继续执行勤务，置之不理。而张作霖所发通电则顾左右而言他，他说：“出兵扣械，系坚元首主战之心，兵已入关，无可撤退，长江有事，即可南下应援。”他请北京政府在天坛一带指定营房以便奉军进驻，并没有等待答复，他的部属已在天坛、南城一带找兵房了。
为统一关内奉军的指挥，张作霖以自己为司令，遥控指挥；张作相转为后路总指挥，驻守山海关，可进可退；以杨宇霆为参谋长，节制全部关内奉军。张汉卿则返回奉天，类太子监国，并酝酿他自穿越以来第一件最重要的计划之一的土地改革事宜。
似乎是解释奉军进入北京的理由，3月7日奉天方面发表张作霖和曹锟、张怀芝的往来电。张作霖3月5日歌电表明他的宗旨“拥护中央，维持大局，始终团结，戡平内乱，联络同志，共救危亡。”又说天津会议将奉军编入第一路，后来又改编入第二路，他都极表同情，现已编成六个混成旅，若不开拔，则“对同志为不信，对我兄为不义，各旅不日即可到徐，会合大军，敬听指挥”。
张作霖在这通电报中极力解释“自己毫无个人野心，自己对财产身家功名权位皆已逾量，尚复何所希冀，只以目前时局为重，弟处扩张实力，专以辅导我兄起见，此外毫无私意，若有虚言，鬼神鉴察。”其殷切之情，就差指天为誓了。
曹锟3月7日的阳电是欢迎奉军入关，称赞张作霖“耿耿大义，磊落光明，骨肉之交，谊共生死。请奉军集中徐州，加入第二路；还请加派一个或两个混成旅开到汉口，加入第一路”。张怀芝的阳电称道奉军入关为“壮我士气，固我后援”，并称已指定韩庄为奉军南下的第一站。
北洋政府于3月19日接到了督军们的联名电报，这通电报以曹锟为首，包括长江三督在内，共有15省三特区的北洋军阀们，他们要求段祺瑞再起组阁，内云：“锟等互相约定，我公复任揆席，则同人誓当一致，共扶危局，否则亦惟从公高蹈，不问世事，全国安危，同人离合，均系我公一身。”
冯国璋接到这个电报，简直像接到哀的美敦书一样，没奈何只好再请段勉应众命，以北洋团体为重，接受组阁大命。段仍表示“无意于此”；冯则指天誓日地表示愿与段同生死，共患难。并且自动承认五个条件：（一）参陆办公处仍然迁回国务院，以靳云鹏为主任以代师景云。（二）国务院决议，总统保证不擅改一字。（三）阁员由总理选择，不必征求总统同意。（四）公府秘书长由总理推荐。（五）中央（指总统）致各省的电报，须由院方核发。
3月23日大总统令准署国务总理王士珍辞职，特任段祺瑞为国务总理。24日派张志潭为国务院秘书长。25日参陆办公处迁回国务院。27日令张敬尧为湖南督军兼署省长。28日令改海军总司令为特任，以蓝建枢为总司令。29日令陆征祥复任外交总长，钱能训为内务总长，段芝贵为陆军总长，刘冠雄为海军总长，傅增湘为教育总长，朱深为司法总长，田文烈为农商总长，曹汝霖为交通总长兼署财政总长，吴鼎昌为财政次长。这些均是皖系的重要人物。
作为激励，4月4日晋授曹锟勋一位，一等大绶宝光嘉禾章。授予张敬尧一等文虎章，二等大绶宝光嘉禾章。授予吴佩孚勋三位，二等大绶宝光嘉禾章。
段祺瑞第三度复任总理，冯国璋是完全低头了，就是主和的实力分子长江三督也不敢唱反调。这时政局中的大红人是徐树铮，李纯也竭力拉拢徐，江西督军陈光远公开表示接受第三期作战计划。到此时期，直系已完全屈服于皖系。当此之际，段祺瑞在汉口的军事会议中说明团结北洋派的重要性和贯彻对南作战方针的决定，然后提出第四期作战计划，发交有关各省按照计划执行。关于总统问题，段祺瑞主张迅速召集新国会以便如期进行总统的选举，这就是由皖系亲信徐树铮策划的后来著名的安福国会。
段祺瑞三度组阁前，一切有利的情势都倾向于他，可是等他上台后，情况就两样了：皖系和主战派的军阀拥护他是自有打算的，希望因为作战而能分到日本的借款和军火，同时因为作战而各自可以截留国税，买马招兵。像奉军入关时即“顺道”劫夺了一批军火，段上台不久，第二批从日本运来的枪械30000支又在塘沽被奉军劫收！段祺瑞政府和日本的勾结，并没有得到什么好处，因为军火的供应只便宜了奉军，两次日本军火都被奉军劫龋借款虽多，却是远水不能救近火。
两次截军火之后，张作霖用这些军火共装备了7个旅的兵力，实力大增。可是经此以后，段祺瑞对张作霖是恐惧异常。奉、皖翻脸势在必行。此时奉天背后有吉林如刺在哽，冯国璋也已无力和段祺瑞明争或暗斗。表面上奉军第一次入关风光无比，但一旦段祺瑞缓过手来，仓促之下，奉系却不是如日中天的皖系的实力可比。若不能尽快解决奉系与皖系之间的这个心结，对奉军可以说是后患无穷。