在员额制改革初期，便有研究者对员额制改革能否收获预期效果提出了疑问。法官遴选机制未必能实现法官精英化目标、员额制资源的稀缺可能造成人才流失、加重案多人少矛盾等问题。
在员额制改革实施完成后，部分改革者意料之外的问题也开始逐渐浮现：“法官员额制改革的推行，在初步实现入额法官的专业化和精英化的同时，也带来了包括‘案多人少’‘诉讼效率下降’‘办案法官不堪重负’等一系列问题”“整体而言，司法机关员额制改革实践中的问题主要还是集中在出、入员额标准不统一，‘去行政化’不彻底，监督配套制度不完善这三个方面。”
具体而言，司法员额制改革存在的不足主要有以下几点：
一、办案压力未得缓解。员额制改革的目的之一在于，确保法官数量与案件数量相匹配，改变此前人案失衡、忙闲不均的状况，并通过优化审判资源配置，切实减少法官事务性工作负担。但就目前来看，员额制改革实施后，法官的办案压力未得缓解。以某法院为例，2016年、2017年两年的结案数量和结案率变化不大，办案法官人数大幅度减少带来的结果是人均结案量的陡然增加，人均结案量从144.90件上升至296.56件，增加了一倍。员额制改革后法官办案固然以“一审一助一书”的团队模式进行，能够提高办案效率，部分减轻法官负担，但办理案件绝对数量的增加却是不争的事实。
办案压力来源于三个方面：其一，本就案多人少的局面更加凸显；其二，立案登记制所带来的新的压力；其三，院、庭领导入额带来的隐形压力。还有研究者指出，“法官员额的大幅削减对一线司法活动带来了一系列新的压力与挑战。主要体现为法院案件量的持续增长、一线法官数量减少所造成的人案比例冲突、审判组织重构以后法官受案范围的多元化。”
此外，未入额法官在身份转变为法官助理后，其办案积极性也有待考量。“基层法院员额制改革取得了不错成效，但是也存在一定负面影响。一方面是进入员额的法官数额较少，另一方面是没有进入员额的法官只能作为法官助理，不能继续独立办案，不仅使基层法院的整体审判力量减少，而且存在协助法官办案的积极性不高的情况。这样，就使基层法院的审判力量实际减弱，进入员额的法官负担大大加重，即使审理了更多的案件，也仍然是积案较多，给审判工作造成影响。”
二、部分基层院员额缺口难以填补。在员额制改革后，基层法院、检察院的员额入额来源主要有二，一是本院招录的法官助理或检察官助理在达到条件后入额；二是上级院法官助理或检察官助理下放至本院入额。然而，以上两种入额途径在现实中的运转却并不通畅。
就第一种途径而言，部分基层法院、检察院因现实条件所限，存在无法通过公务员考试招录足额的法官助理、检察官助理的情况。例如，某基层检察院2016年—2017年连续2年因报名人数达不到开考比例而取消部分岗位，2018年—2020年连续3年因编制不足的原因未能录用新公务员。
就第二种途径而言，或是受“猛将必发于行伍，宰相必起于州郡”理念的影响，改革者要求所有法官或检察官助理均要在基层院入额。这一制度设计的目的在于使各个层级的法官、检察官都具备丰富的基层经验，能够妥善处理各类案件。但值得考虑的是，工作单位的调动往往会对法官助理、检察官助理的个人生活造成较大影响，不同层级法院、检察院对司法人员的能力需求也不尽相同。
基层入额这一制度上的理想设计，在现实中亦受到了一定程度的排斥。截至2020年底，某省16家中级法院中仅有4家中级法院连续三年实施了中院助理到基层法院入额机制，其他中级法院多持观望态度，未有实质性开展；二是该机制的实施效果并不理想，除个别中院外，报名人数与入额人数呈现“双低”现象，其中还不乏多方协调的“半强制性”报名参与。
与之相对应的是，现实中基层法院法官流失问题也较为严重。有研究者发现，经济社会发达地区和偏远落后地区法官最易流失，且从流失人员的构成表现出年轻化、高学历的趋势。基层法院、检察院的员额缺口因此难以填平，长此以往，不仅不利于司法工作队伍人员的稳定，在人员基数不够充足的情况下，员额制遴选高素质法官、检察官的目的也将难以保证。
三、员额遴选机制存在改善空间。员额遴选机制是员额法官、检察官的入口，对入口的科学把控决定了法官、检察官队伍的人员构成，与员额制改革的目的能否实现密切相关，因此建立合理的员额遴选机制显得尤为重要。就目前看来，各地员额入额标准、程序并非统一，现实中还存在诸多问题。
有研究者通过对某省法院的员额法官遴选机制进行研究后认为，其中存在遴选政策的地方化、差异化；遴选指标指向不一致；民主测评方案的非充分性以及遴选程序头重脚轻等问题。此外，法院领导稳定入额占据员额所引发的问题同样值得关注。
“由于缺乏客观的员额法官选任与评价机制，就可能造成员额制的异化。法院的领导几乎都能入额。这部分领导大多数属于资深法官和审判委员会组成人员，总体上具有较高的业务素质和办案能力，符合入额条件，但他们入了额，由于没有常态性的办案安排，且目前也没有明确刚性的考核指标，通常并不会实际办案或者实际办案量较少，如此，又会加重进入员额内的一线办案法官和司法辅助人员的办案工作量。”
四、绩效考核制度不尽合理。司法绩效考评制度是对法官、检察官绩效予以评价的制度，是确保办案质量效率、实现司法公正的重要保障机制。绩效考评制度作为针对法官、检察官包括办案业绩在内的工作情况进行评价的制度，能够对法官、检察官的工作行为进行积极的引导和约束，起到促进办案人员自我审视、自我提升的作用。
目前，这一制度的运作情况并不尽如人意。有研究者分析得出了司法绩效考核制度中存在的四大矛盾：司法绩效考核存在“绩效中心”与“岗位中心”的矛盾、“工作量标准”与“质量、效果标准”的矛盾、关于贯彻司法责任制去行政化与业绩考核行政主导的矛盾、考核精细化与简便易行的矛盾。还有研究者针对法官绩效考核制度指出，“当前的法官绩效评价制度存在模式多样、评价指标针对性不强、运作机制不完善等问题，导致绩效考评制度的目的不能有效实现。”
五、法官助理、检察官助理处境尴尬。员额制改革实现法官队伍的精英化，但因员额总数固定，在员额已满后，只有在有员额法官退出时方会有填补空缺，这便导致法官助理的上升空间相当狭窄。法官助理入额不仅要达到一定工作年限，还要经过激烈竞争方能入额，大大增加了其职业发展的不确定性。
有研究者通过对某基层法院调研得出结论，在理想情况下，该院法官助理最快晋升员额法官的期限是七年，要求是表现非常优秀突出，并要在入额考试中战胜其他法官助理与未入额法官。因此，在大部分法官助理看来，进入员额遥遥无期。
上述情况并非个例，还有研究者通过对检察官助理工作现状进行分析后认为，“现今，从各地改革实践来看，较之于检察官员额的遴选、晋升、待遇保障等问题，助理人员法律定位与发展通道不明晰，定级套改的启动与频次明显滞后，影响了助理人员的工作积极性。”此外，曾经还有部分临时聘用的法官助理，其处境则更为尴尬。“另外，还有作为临时聘用法官助理、书记员、法警，不是公务员，不在行政编制内，更不在中央政法编制内，收入微薄，职业发展预期颇为暗淡。”
六、员额制导致司法职业的吸引力有所下降。司法事业关乎正义公平，理应吸引最优秀的法科学生。员额制要求基层入额、逐级遴选，这导致一个法科硕士、博士通过公开考试进入司法系统后，本已到了成家立业的年龄，但由于何时入额、何地入额并不确定，导致其婚姻家庭规划也陷于不确定性之中，事业和个人生活的预期也难以明朗，于是司法职业的选择并不成为其最优先的选择。
凡是由人设计的制度不可能尽善尽美，员额制改革不可能一蹴而就，改革出现的问题只能用改革的办法来处理。期待随着司法员额制实践的不断展开，员额制能够不断定型和成熟！