而第三卷的故事，就是讲述学园策划让最强的超能力者通过“绝对能力者进化计划”晋升level6。
御坂美琴虽然是level5，但仅是排第三，第一正是之前提到的一方通行。
本来你搞你的计划，我过我的日子，大家河水不犯井水就完事了……可一方通行想要成功进化，需要杀掉128个御坂美琴。
但这不是虚拟网游背景，也没有便利的复活道具，御坂美琴只有一个，所以学园都市想到了另一个办法，就是用御坂美琴的克隆人来代替。
可惜克隆人的实力远不如本体，因此经过计算，一方通行必须杀掉两万个克隆人才能成功进化……而故事开始时，一方通行已经杀掉了一万个克隆人。
当然，对观众来说这仅是一个数字而已，就算你说他杀了几亿人也没有实感，所以这一卷里，那些克隆人御坂妹妹们也一并出场了。
因为是快速成长起来的量产克隆人，御坂妹妹们性格呆萌，虽是三无却心地善良，外貌和御坂美琴差不多，但眼瞳区别于姐姐，缺乏高光，惹人怜爱。说话时还会在末尾加上诸如“御坂毫不迟疑地回答”、“御坂提出疑问”、“御坂xx地说道”的可爱口癖……御坂妹妹们一下子就俘获了观众的心。
就算不喜欢，至少在她们受到伤害时，人们都会义愤填膺。
“一方通行给我去死！”
“太过分了，他们到底做错了什么，要被如此残忍地对待！”
“这家伙就是学园最强？还有没有人性！”
“居然杀掉一万多个了，太浪费了！”
“妹妹不需要请捐献给有需要的人，谢谢！”
事实上，会有那么多克隆人，是因为御坂美琴小时候被大人欺骗说是会把她的能力用在医学上，结果却发展为军用，甚至像如今这般用在非人道的地方。
御坂美琴当然不允许这种事的发生，无奈她完全敌不过能反射一切攻击，能力为“矢量操作”的一方通行。
望着“妹妹们”一个接一个被一方通行虐杀，御坂美琴绝望到了极点，甚至萌生了牺牲自己的想法。
连小混混都会同情的上条当麻，自然不会对这件事袖手旁观，考虑到计划的前提是让学园都市的最强进化，他决定击败一方通行，把对方从“最强”的宝座拉下来。
经过一番苦战，上条当麻一拳重重地揍在一方通行的脸上，揍得他面容扭曲，揍得他倒地不起，揍得
“爽啊！”
“早就看这货不爽了！”
“太棒了！”
观众欢呼起来。
“太帅了，上条当麻这次真的帅气！”
“我对他改观了！”
“尽管他非常自以为是，但这次看着就觉得解气！”
事实上，前三卷里，一方通行作为boss的实力是最弱的，但故事还没展开到魔法与超能力对碰的部分，而且就像之前说的，他杀人倒也罢了，还采取让血液倒流的方式来进行虐杀……过于残忍和疯狂的表现拉足了仇恨，让观众发自内心希望他被打倒。
回应了观众期望的上条当麻和《魔禁》，得到了观众最热烈的喝彩。
然后
检测仪器上的数字开始了跳动。