一直到五月七号，此案被移交检察院之后，呼格吉勒图第一次翻供，说自己是无辜的，他在申述材料中，讲述了警方对其使用特殊手段，逼迫自己承认罪行。
但是在5月25号法院开庭的时候，由于种种原因，呼格吉勒图又在法庭上承认了自己的罪行。
从案发之日起，一直到呼格吉勒图被执行死刑的这61天的时间里，他一共有14次审讯记录，其中在十一份笔录中，他承认了自己的罪行，只有三次做了无罪陈述。
可是在呼格吉勒图认罪的笔录中，有很多内容，是和现场情况以及尸检报告有冲突的。
比如呼格吉勒图的口供中供诉：受害人说普通话，身高在1米6到1米65之间，发型是长发直发，上衣没穿外套，只穿了一件毛衣，这些内容均与实际情况不符合。
警方这边判定呼格吉勒图有罪的理由，除了他的口供之外，还有呼格吉勒图的指甲缝里，提取到了受害人的血迹，但事实上，仅有一张血型一致的检测报告。
呼格吉勒图的律师是这样说的：“相同血型的人有很多，这个案子里，可能恰巧受害人的血型，和呼格吉勒图指甲缝里提取到的血液是同一血型，或者受害人在查看尸体时，不小心沾上了受害人的血液，并不能做为定罪证据。”
由于当年只有公安部有做dna鉴定的设备，地方上如果要做鉴定，是需要排队的，本案并没有申请dna鉴定，律师的辩护内容，也未被采纳。
呼格吉勒图冤案，之所以日后在公安部内部引起了巨大震动，最主要的原因，就是当年这些办案人员完全就是胡来。
光靠呼格吉勒图的口供，显然不能坐实他的罪名，证人的口供也非常重要。
随后警方开始对闫峰进行询问：“你俩平时关系是不是挺好的，呼格吉勒图是不是经常看黄色录像？
闫峰不太明白，只是如实回答：“没有啊，至少我没听他说过。”
不过警方并不买账，反复询问这个问题，话里话外的意思就是，你不说是不行的，这事肯定有。
闫峰最后实在没办法，只能违心的承认：“有一次呼格吉勒图和我说过黄色笑话。”
警方很满意，这就对上了，这就是呼格吉勒图的犯罪动机，这小子就是凶手，肯定错不了。
1996年5月23号，法院一审判决呼格吉勒图死刑，随后呼格吉勒图以没有杀人动机，请求法院从轻处理为由，提出了上诉。
6月5号，法院驳回呼格吉勒图的上诉请求，维持原判，核准死刑。
1996年6月10号早晨，呼格吉勒图吃完了人生中最后一顿饱饭，被拉到了乌兰恰特参加公审大会，当天10点钟，被拉到刑场，执行了枪决。
接下来的事情很简单，所谓的杀人凶手被绳之以法，警方破案神速，所有人皆大欢喜，参与这个案子的所有人员，该表彰的表彰，该升官的升官。
就连呼格吉勒图最好的朋友闫峰，通过当地媒体铺天盖地的报道，也相信了他就是凶手，呼格吉勒图的家人也因为此事，受到了极大的鄙视，承受着不该承受的社会舆论压力。
但此时的真凶赵志红却活的很滋润，他杀死小杨姑娘之后，提心吊胆了好几天，生怕警察会查到自己头上。
但是没过多久，赵志红就在4月20号的报纸上，看到了这起案件凶手被抓的消息，他反反复复的看了好几遍，心里突然明白了，原来这件事是有了替罪羊。
赵志红高兴坏了，当他知道替罪羊已经被枪毙了之后，就彻底的放下心来，既然强奸杀人都没事，那就必须接着整。